Según el artículo 18, del Estatuto de la Universidad de Magallanes, DFL N°27/2023 del Ministerio de Educación, son funciones y atribuciones del Consejo Superior:
a) Aprobar las propuestas de modificación de Estatutos, elaboradas por el Consejo Universitario, que deba presentar al Presidente o la Presidenta de la República para su respectiva aprobación y sanción legal.
b) Aprobar, a proposición del Consejo Universitario, el Plan Estratégico de Desarrollo Institucional de la Universidad y sus modificaciones, así como verificar, periódicamente, su estado de avance y cumplimiento.
c) Aprobar las políticas financieras y la contratación de empréstitos señalados en las pautas anuales de endeudamiento, a propuesta del Rector o la Rectora.
d) Aprobar el presupuesto y sus modificaciones, debiendo pronunciarse, a lo menos semestralmente, sobre su ejecución.
e) Resguardar el buen uso de los recursos y el patrimonio universitario.
f) Conocer las cuentas periódicas del Rector o la Rectora, y pronunciarse respecto de ellas de forma trimestral.
g) Autorizar a propuesta del Rector o la Rectora la enajenación o el gravamen de activos de la Universidad, cuando correspondan a bienes inmuebles o a bienes que hayan sido previamente declarados de especial interés institucional. La declaración de bienes de especial interés institucional se sujetará a la normativa y procedimientos definidos en un reglamento dictado por el Rector o la Rectora con aprobación del Consejo Universitario.
h) Ordenar la ejecución de auditorías internas.
i) Nombrar al contralor o contralora de la Universidad, y aprobar su remoción, de acuerdo con las causales señaladas en este Estatuto.
j) Proponer al Presidente o la Presidenta de la República la remoción del Rector o de la Rectora, de acuerdo a las causales señaladas en este Estatuto y lo dispuesto en el artículo 22 de la ley N°21.094.
k) Aprobar la creación, modificación o supresión de alguna de las autoridades, cargos o unidades adicionales a la estructura orgánica de la Universidad, a propuesta del Rector o la Rectora.
l) Nombrar, como resultado de un proceso eleccionario, a las autoridades superiores unipersonales de la Universidad, conforme a lo establecido en este Estatuto.
m) Aprobar la política de remuneraciones del cuerpo de académicos/as, funcionarios/as de apoyo a la actividad universitaria, de las autoridades superiores unipersonales.
n) Aprobar la planta de funcionarios/as de apoyo a la actividad universitaria y sus modificaciones, a propuesta del Rector o la Rectora.
ñ) Interpretar los Estatutos en caso de duda sobre el correcto sentido de alguna de sus disposiciones, por la mayoría de sus miembros en ejercicio, sin perjuicio de las facultades que correspondan a la Contraloría General de la República y a la Superintendencia de Educación Superior.
o) Ejercer las demás funciones y atribuciones que señale este Estatuto, las leyes o los reglamentos universitarios.